Phân hữu cơ được tạo thành nhờ phế phụ phẩm trong sản xuất nông nghiệp như rạ, thân cây, trấu,mùn cưa nhằm:

1. Nâng cao độ phì, làm đất tơi xốp: Khi bón phân hữu cơ, dưới tác động của độ ẩm và nhiệt độ, các hydrat cacbon sẽ được phân giải chậm thành mùn, axit humic, các chất dinh dưỡng cần thiết cho cây. Sự phân hủy này có thể kéo dài từ vài ngày cho đến vài tháng, tùy chất liệu của phân là gì và điều kiện thời tiết, khí hậu, môi trường đất. Do đó đất tơi xốp hơn, tăng khả năng thấm thoát nước, giúp cho bộ rễ phát triển nhiều.

2. Nâng cao chất lượng sản phẩm: Một trong những cây trồng bị ảnh hưởng nhiều nhất là cây rau, các loại cây ngắn ngày; còn các loại cây dài ngày, cây công nghiệp chịu ảnh hưởng ít hơn. Chính vì vậy, để xuất khẩu các mặt hàng nông sản phẩm có chất lượng cao thì việc sử dụng phân hữu cơ để canh tác cần được quan tâm hàng đầu.

3. Hạn chế xói mòn đất và rửa trôi các chất dinh dưỡng: Các chất hữu cơ sẽ làm đất tơi xốp hơn, nhờ vậy sẽ tăng khả năng thấm thoát nước và giữ các chất ở dạng ion hoặc phân tử dưới dạng liên kết bền vững. Việc bón phân bằng các loại như rơm rạ, thân xác bã thực vật còn ngăn bớt dòng chảy của nước khi trời mưa lớn và đất có độ dốc cao.

4. Làm sạch nguồn nước: Các chất hữu cơ hút hoặc giữ lại các chất hòa tan độc hại có trong nước như H2S, dư lượng phân hóa học Nitrat, Sunfat, Clor… dưới tác động của nhiệt độ, độ ẩm, ôxy… các chất độc sẽ dần bị phân hủy thành chất ít hoặc không độc hại cho người và động vật.

5. Giảm sâu, bệnh hại: Với việc thâm canh cao như ngày nay sẽ làm cho cây phát triển nhanh về cành, lá rậm rạp, dễ hấp dẫn các loại côn trùng đến phá hại, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho một số loại nấm hại phát triển trên các bộ phận của cây như rễ, thân, lá, cành, trái… Phân hữu cơ giúp các bộ phận cành lá, cây cứng cáp hơn, lá dày, khả năng chịu đựng các điều kiện bất lợi cũng tốt hơn, do vậy cây ít bị sâu bệnh hại.

6. Hạn chế sử dụng thuốc hóa học: Do cây phát triển cân đối thân, cành, lá, sức đề kháng của cây với các điều kiện bất lợi của môi trường như hạn hán, lũ lụt, gió, ẩm, nóng, lạnh cũng tốt hơn. Môi trường đất sạch, bộ rễ cây nhiều, đâm sâu. Các loại nấm có hại cũng không có điều kiện phát sinh và lây lan. Do vậy hạn chế dùng thuốc hóa học để bảo vệ cây trồng.

7. Tạo môi trường tốt cho các vi sinh vật có lợi trong đất hoạt động: Phân hữu cơ sau khi phân hủy sẽ cung cấp mùn cho đất, làm tăng độ pH, độ chua đất giảm và tạo điều kiện cho các loại vi sinh vật trong đất phát triển. Việc bổ sung đầy đủ phân hữu cơ sau mỗi vụ thu hoạch sẽ làm cho đất được tơi xốp, các chất mùn trong phân hữu cơ sẽ là thức ăn cho các loại vi sinh có ích, số lượng vi sinh vật có ích tăng đáng kể, trong khi các loại vi sinh có hại sẽ giảm.

8. Tiết kiệm nước tưới: Các chất hữu cơ hạn chế khả năng bốc thoát hơi nước và giữ ẩm tốt cho đất. Nhiệt độ trong đất được điều hòa tốt hơn, đất không bị nóng lên đột ngột hoặc hạ nhiệt độ xuống thấp trong một thời gian ngắn.

9. Giảm lượng phân hóa học: Đối với đất trồng lúa, ngô, các loại cây ngũ cốc... sau khi thu hoạch, phần hạt được lấy đi, còn lại những phần con người không sử dụng được như thân, lá, lõi ngô sẽ được nghiền nát và trả lại ngay cho đất thì đất sẽ ít bị bạc màu. Việc giữ cho đất có hàm lượng mùn 5-6% cùng với bón phân hữu cơ thường xuyên, đầy đủ có thể giảm lượng phân hóa học từ 70-80%.

10. Tốt cho sức khỏe con người và động vật nuôi: Phân hữu cơ không gây ô nhiễm môi trường trong khi phân hóa học để lại dư lượng gây chua đất và ô nhiễm nguồn nước, đặc biệt đối với các vùng dân cư sinh sống ở gần nơi sản xuất nông nghiệp. Phân hữu cơ và các vi sinh vật có lợi trong đất sẽ là nhà máy chế biến các chất độc hại như H2S, CO2, NH3, CH4… thành các hợp chất không độc hại, nguồn nước sẽ sạch hơn và an toàn đối với người và gia súc.