Theo đó, quy trình ủ hoai cành thanh long thành phân hữu cơ do Viện Cây ăn quả miền Nam ban hành gồm các bước: cắt bỏ mỗi đoạn 3 - 5 cm từ những cành thanh long yếu ớt, không đậu trái hoặc đậu trái không đạt chất lượng, chất thành mỗi đống ủ 500 - 1.000 kg. Đồng thời, pha 15 kg chế phẩm Bacillus subtillis với nước, tỉ lệ 1:1 phun đều lên đống ủ rồi phủ bạt che kín duy trì độ ẩm trong 2 tuần đầu.

Đến tuần thứ 3 và tuần thứ 5, lần lượt sử dụng 15 kg chế phẩm Lactobacillus plantarum và BTEC hòa tan với nước trộn đều lên đống ủ thanh long để xử lý mầm bệnh đốm trắng, tạo môi trường cho vi sinh vật có lợi phát triển. Cuối cùng trong tuần thứ 7, trộn với phân chuồng hoai mục, tiếp tục phủ bạt và ủ đến tuần thứ 8 trở thành phân hữu cơ vi sinh sử dụng trở lại cho khu vườn thanh long, giúp cải thiện dinh dưỡng trong đất và giảm chi phí sử dụng phân hóa học.