Ảnh minh họa.

Theo Bộ Tài chính cho biết, ngày 26/11/2024, Quốc hội đã ban hành Luật Thuế GTGT có hiệu lực thi hành từ 01/7/2025. Qua triển khai thực hiện, Bộ Tài chính nhận được văn bản kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Hội đồng Tư vấn Chính sách của Thủ tướng Chính phủ, các Hiệp hội và doanh nghiệp phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi, cụ thể như sau:

Trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê,...) dẫn đến lãng phí thời gian, tiền bạc và đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.

Bên cạnh đó, nông sản, thủy sản nhập khẩu không phải chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam. Người nhập khẩu sẽ không phải vay ngân hàng để nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu trong khi doanh nghiệp xuất khẩu sẽ phải vay ngân hàng để nộp khoản thuế này cho Nhà nước khi mua nông sản, thủy sản sản xuất trong nước để xuất khẩu.

Đối với doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí do thuế GTGT 5% đầu vào không được khấu trừ, phải đưa vào chi phí sẽ phải tăng giá bán, theo đó sẽ ảnh hưởng đến người chăn nuôi. Quy định này chưa công bằng và giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu do thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế GTGT.

Các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào, nhưng bị chậm do phải chờ người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế theo quy định tại điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT, gây khó khăn và rủi ro thực tiễn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế vì doanh nghiệp mua không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của nhà cung cấp tại thời điểm lập hồ sơ hoàn thuế. Nếu bên bán chưa nộp hồ sơ khai thuế hoặc còn nợ thuế GTGT, hóa đơn của doanh nghiệp mua sẽ không được chấp nhận hoàn thuế, dù doanh nghiệp mua hàng đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, lưu giữ chứng từ hợp lệ và thanh toán qua ngân hàng theo quy định. Việc bị từ chối hoàn thuế vì lý do này sẽ ảnh hưởng đến dòng tiền, tiến độ sản xuất kinh doanh và gây thiệt hại cho doanh nghiệp dù không có lỗi chủ quan của doanh nghiệp là người mua hàng.

Bộ Tài chính đánh giá, việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế GTGT là cần thiết. Dự thảo Luật đề xuất sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT đối với sản phẩm nông sản, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế tại khoản 1 Điều 5, khoản 5 Điều 9 và khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15.

Theo đó, dự thảo đề xuất sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 5 (đối tượng không chịu thuế) như sau:

"1. Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào." (Khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT hiện hành quy định đối tượng không chịu thuế như sau: Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.).

Sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 9 (thuế suất) như sau:

"5. Phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được thu hồi để tái chế, sử dụng lại khi bán ra áp dụng mức thuế suất theo thuế suất của mặt hàng phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu bán ra." (Khoản 5 Điều 9 Luật Thuế GTGT hiện hành quy định: Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất giá trị gia tăng theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản.

Phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được thu hồi để tái chế, sử dụng lại khi bán ra áp dụng mức thuế suất theo thuế suất của mặt hàng phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu bán ra.).

Dự thảo cũng đề xuất bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15. (Theo điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT hiện hành: Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.).